Préhistoire :
Il y a 40 00 ans, nos ancêtres Cro Magnon rencontraient des hommes plus anciens : les Néanderthal. Ils ont séjourné dans la grotte aujourd'hui dite de la Mère Clochette.

Antiquité et Haut Moyen-Âge :
800 ans avant JC une industrie céramique est déjà active  sur le territoire.
Aux 1ers siècles de notre ère, Hèbe, est une agglomération importante, carrefour des routes reliant d'une part Châlons sur Saône à Besançon, et d'autre part Auxonne à Salins. Le nom "Aibe" remonte à cette époque tandis que celui de la  "Millière" rappelle les bornes placées sur ces routes romaines.
Un castellum bâti sur la montagne de Rochefort protège à la fois ces routes et le passage sur le Doubs. C'est au sein de la Bourgogne Mérovingienne puis carolingienne que se développe le château.

Un Moyen - Âge turbulent :
En 1150 apparait le nom de Rochefort qui désigne bien l'aspect et l'implantation du lieu.
Pendant 400 ans, le comté de Bourgogne oscille entre autonomie, prise en main par l'Empereur ou par le roi de France. Rochefort, place forte, participe à ces vicissitudes.

Puis des guerres entre France et Empire :
En 1477, le Duché de Bourgogne est rattaché à la France tandis que le Comté de Bourgogne (Franche Comté) reste terre d'empire. Durant ces conflits, les troupes de Louis XI massacrent les habitants de Rochefort et le dessus du bourg est détruit.
Durant deux siècles Rochefort est quasiment autonome, sous le contrôle du Parlement de Dole nommé par l'empereur d'Autriche. Autonome, mais pas paisible : le pays est ravagé par les Espagnols, les Protestants, l'armé d'Henri IV, la guerre de 10 ans, les Suédois et pillé par Louis XIV.
En 1678, deux cents ans après le Duché de Bourgogne, le Comté de Bourgogne (Franche Comté) est définitivement rattaché à la France.
Le 19/10/1894, la commune prend le nom de Rochefort sur Nenon.  

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